フリーのプログラマーとして独立するためには、以下の手続きを最初にしておくのがおすすめです。1つ目は、開業届を税務署に提出することです。開業届を提出しなくてもフリーランスとして活動することは可能ですが、今後、独立してずっとやっていくのであれば、提出しておく方が何かとメリットがあります。確定申告で青色申告の特別控除が受けられるようになりますし、個人事業主の公的な証明にもなるからです。
また、上記の開業届と併せて、個人事業開始申告書を都道府県税事務所に提出しておきましょう。国税に関する開業届に対し、こちらは地方税のために必要な書類です。開業届と同様、絶対に提出すべき書類ではないですが、開業届と同様の理由で、以後、フリーランスのプログラマーとしてずっとやっていくのであれば提出しておくことをおすすめします。
フリーランスとして独立したら、確定申告を自分で行わなければなりません。青色申告で申告したいなら、早めに青色申告承認申請を提出しておきましょう。白色申告でもかまいませんが、青色の方が特別控除の金額が大きくなります。プログラマーとして独立してずっとやっていくのであれば、やはり青色申告の方がおすすめです。
あと、必要な手続きとして国民年金と国民健康保険の手続きがあります。どちらもお住まいの市区町村の役場にてすぐに手続き可能です。ただし、健康保険については、フリーランスが加入できる健康保険組合があります。フリーランス団体の加入者が加入できる保険です。希望する場合、独立した翌年以降に加入しましょう。